Luomuksella on Helsingin yliopiston rehtorin asettama johtokunta, jonka toimikausi on neljä vuotta. Johtokuntaan kuuluu 7−9 jäsentä, joista kullakin on henkilökohtainen varajäsen. Rehtori määrää yhden jäsenistä puheenjohtajaksi ja johtokunta valitsee keskuudestaan varapuheenjohtajan.
Johtokunnan jäsenistä kuusi edustaa Helsingin yliopistoa. Näistä kaksi valitsee Luomuksen henkilökunta keskuudestaan. Enintään kolme jäsentä edustaa laitoksen yhteistyötahoja. Vuonna 2013 toimiva johtokunta asetettiin vuonna 2010.
Johtokunnan tehtävänä on käsitellä laitoksen tavoiteohjelma ja siihen sisältyvä
henkilöstösuunnitelma ja talousarvio; tehdä rehtorille esitys laitoksen
johtajan ottamisesta ja nimetä varajohtaja toimikautensa ajaksi; hyväksyä
työjärjestys; asettaa kokoelma-, tutkimus- ja opetus-, seuranta- sekä yhteiskunnallisen
vuorovaikutuksen ohjausryhmät; sekä ratkaista ne asiat, jotka johtaja on
niiden tärkeyden tai laajakantoisuuden vuoksi saattanut johtokunnan käsiteltäväksi.
• Puheenjohtaja, professori Markku Löytönen, HY:n Geotieteiden
ja maantieteen laitos
(varajäsen professori Veli-Pekka Salonen, HY:n Geotieteiden ja maantieteen
laitos)
• Professori Jouko Rikkinen, Biotieteiden laitos
(dosentti Johannes Enroth, HY:n Biotieteiden laitos)
• Dosentti Helena Korpelainen, Maataloustieteiden laitos
(yliopistonlehtori Helena Åström, HY:n Biotieteiden laitos)
• Professori Heimo Saarikko, HY:n Fysiikan laitos
(professori Timo Vesala, HY:n Fysiikan laitos)
• Yli-intendentti Risto Väinölä, henkilöstön edustaja
(yli-intendentti Jyrki Muona)
• Professori Soili Stenroos, henkilöstön edustaja
(intendentti Leena Myllys)
• Dosentti Ilari Sääksjärvi, Turun yliopiston eläinmuseo
(professori Elina Oksanen, Itä-Suomen yliopisto)
• Vanhempi tutkija Terhi Ryttäri, Suomen ympäristökeskus
(kehittämispäällikkö Jukka-Pekka Jäppinen, Suomen ympäristökeskus)
• Luontopalvelujohtaja Rauno Väisänen, Metsähallitus
(tutkimuspäällikkö Niina Peuhkuri, Riista- ja kalatalouden tutkimuslaitos)
Luonnontieteellinen keskusmuseo 2014