Luomuksella on Helsingin yliopiston rehtorin asettama johtokunta, jonka toimikausi on neljä vuotta. Johtokuntaan kuuluu 7−9 jäsentä, joista kullakin on henkilökohtainen varajäsen. Rehtori määrää yhden jäsenistä puheenjohtajaksi ja johtokunta valitsee keskuudestaan varapuheenjohtajan.
Johtokunnan jäsenistä kuusi edustaa Helsingin yliopistoa. Näistä kaksi Luomuksen henkilökunta valitsee keskuudestaan. Enintään kolme jäsentä edustaa laitoksen yhteistyötahoja.
Johtokunnan tehtävänä on käsitellä laitoksen tavoiteohjelma ja siihen sisältyvä henkilöstösuunnitelma ja talousarvio; tehdä rehtorille esitys laitoksen johtajan ottamisesta ja nimetä varajohtaja toimikautensa ajaksi; hyväksyä työjärjestys; asettaa kokoelma-, tutkimus- ja opetus-, seuranta- sekä yhteiskunnallisen vuorovaikutuksen ohjausryhmät; sekä ratkaista ne asiat, jotka johtaja on niiden tärkeyden tai laajakantoisuuden vuoksi saattanut johtokunnan käsiteltäväksi.
Vuonna 2016 yliopiston hallitus antoi Luomukselle 15. joulukuuta uuden johtosäännön, joka astuu voimaan 1.1.2017. Olennaisimmat muutokset edelliseen johtosääntöön verrattuna:
• Johtokuntaan kuuluu jatkossa 7-10 jäsentä, sillä johtokuntaan tulee opiskelijajäsen, jonka valitsee Helsingin yliopiston ylioppilaskunta (HYY). Opiskelijajäsenen toimikausi on kaksi vuotta
• Jatkossa museon henkilöstö valitsee johtokuntaan yhden jäsenen, ei kahta kuten aiemmin
• Luomukselle ei anneta erikseen työjärjestystä, vaan johtosääntö on ainoa hallitukselta/rehtorilta tuleva ohjaava asiakirja; johtokunta ja johtaja voivat antaa tarkentavia ohjeistuksia, mutta rehtori ei anna työjärjestystä
• Johtokunnan tehtäviin on lisätty Luomuksen opetusohjelman käsittely
• Johtokunta asettaa jatkossa vain kaksi ohjausryhmää (kokoelma- sekä tutkimus- ja opetusohjausryhmät)
• Johtosääntöö toteaa Luomuksen sisäisen rakenteen (jakautuu yksiköihin, joissa työ organisoidaan tiimeihin)
• puheenjohtaja, dekaani Jari Niemelä, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta
(varajäsen, varadekaani Atte Korhola, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta)
• yliopistonlehtori Helena Korpelainen, Maatalous -metsätieteellinen tiedekunta (varajäsen, yliopistonlehtori Helena Åström, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta)
• professori Jouko Rikkinen, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta
(varajäsen, yliopistonlehtori Johannes Enroth, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta)
• professori Timo Vesala, Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta
(varajäsen,
professori Mikael Fortelius, Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta)
• dosentti Ilari Sääksjärvi, Turun yliopiston eläinmuseo
(varajäsen,
projektipäällikkö Riitta Tegelberg, Digitarium)
• luontopalvelujohtaja Rauno Väisänen, Metsähallitus, 30.8.2016 asti
(varajäsen, neuvotteleva virkamies Johanna Niemivuo-Lahti, Maa- ja metsätalousministeriö)
• vanhempi tutkija Terhi Ryttäri, Suomen ympäristökeskus
(varajäsen,
kehittämispäällikkö Jukka -Pekka Jäppinen, Suomen ympäristökeskus)
• tutkijatohtori Otto Miettinen, henkilöstön edustaja
(varajäsen,
yli-intendentti Soili Stenroos, henkilöstön edustaja)
• tiedottaja Laura Hiisivuori, henkilöstön edustaja
(varajäsen,
laatukoordinaattori Antto Pesonen, henkilöstön edustaja)
Luonnontieteellinen keskusmuseo 2017