Kokoelmien digitointi ja tietojärjestelmät

Luomus ylläpitää Suomen luonnontieteellisiä kansalliskokoelmia ja pohjaa toimintansa näihin kokoelmiin. Luonnontieteelliset museot pyrkivät pelkkien harvinaisuuksien keräämisen sijaan kokoamaan lajeista lukuisia yksilöitä esiintymisalueen eri osista ja eri ajanjaksoilta. Näin saadaan monipuolista tietoa lajin levinneisyydestä, alueellisesta ja geneettisestä muuntelusta sekä kannan koosta.

Jatkuvasti kasvavan tietomäärän hallinta ja saatavuus pyritään takaamaan siirtämällä kokoelmatiedot sähköiseen muotoon. Luomuksen ja Itä-Suomen yliopiston yhteinen Luonnontieteellisten kokoelmien digitointikeskus, Digitarium, aloitti toimintansa Joensuussa vuonna 2010. Digitarium on toiminut EU-rahoituksen ja Suomen Akatemian infrastruktuurirahoituksen turvin ja sen tarkoituksena on ollut kehittää digitointitekniikoita sekä koordinoida ja toteuttaa luonnontieteellisten kokoelmien digitointia valtakunnallisesti.

Tähän mennessä digitointilinjastoilla on muutettu virtuaaliseen muotoon eniten putkilokasvi- ja hyönteisnäytteitä. Pienten objektien, useimmiten hyönteisten kuvantamiseen kehitetty kuvauslinjasto on kokonaan Digitariumin suunnittelema ja ainoa laatuaan maailmassa. Vuosittain digitoitujen näytteiden lukumäärä on lähtenyt nousuun uusien tekniikoiden myötä (Taulukko 1).

TAULUKKO 1. Luomuksessa digitoitujen näytteiden lukumäärä vuosina 2013–2016. Tyyppinäytteet ovat lajin kuvauksen ja määritelmän perustana sekä vertailukohteena lajin määrittämisessä käytettäviä näytteitä. Kokoelmanäytteet puolestaan edustavat lajista kerättyjä muita yksilönäytteitä.

Digitoidut näytteet	2013	2014	2015	2016
- kokoelmanäytteet	62 295	101 370	69 316	140 971
- tyyppinäytteet	3920	5165	3172	5407
YHTEENSÄ	67 635	106 862	72 772	146 708

Lajitietokeskus

Luomuksesta tehtiin vuonna 2012 perustetun koko maan kattavan yhtenäisen lajitietokeskuksen (Finnish Biodiversity Information Facility) kotipesä. Lajitietokeskuksen tehtävänä on kerätä yhteen kaikki tiedot maamme lajistosta. Luomus koordinoi ja ylläpitää keskusta yhteistyössä ympäristöministeriön, muiden lajitietoa käyttävien ministeriöiden, Suomen ympäristökeskus SYKE:n ja valtion tutkimuslaitosten sekä yliopistojen ja kansalaisjärjestöjen kanssa.

Lajitietokeskus kokoaa, arkistoi ja välittää kotimaisia elektronisia lajitietoaineistoja sekä tarjoaa näiden visualisointi- ja analysointityökaluja. Lajitietokeskus edistää tieteen avoimuutta, olemassa olevan tiedon tehokasta löytymistä ja käyttöä tutkimuksessa ja päätöksenteossa sekä tiedon laadunvalvontaa, kuvailua ja kumuloitumista. Keskuksessa on erilliset portaalit viranomaisille ja kansalaisille.

Vuonna 2015 Lajitietokeskus avattiin virallisesti avajaisseminaarin yhteydessä,jossa keskuksen toimintaa ja rakentamista esiteltiin eri toimijoille.

ESCAPE-hanke

Luomuksen koordinoima ESCAPE-projekti (Ex-Situ Conservation of Finnish Native Plant Species) sai EU:n Life+ -ohjelmasta hankerahoituksen vuosiksi 2012–2017  luonnonvaraisten, uhanalaisten kasvien etäsuojelun ja siemenpankkitoiminnan aloittamiseksi maassamme. Hanke toteutetaan yhteistyössä SYKE:n, Metsähallituksen ja Oulun yliopiston kasvitieteellisen puutarhan kanssa. Suomen ympäristöministeriö toimii osarahoittajana.

ESCAPE-hankkeen tavoitteena on muun muassa toteuttaa Suomen luonnonkasvien ex situ - eli etäsuojelustrategiaa ja tutkia mahdollisuuksia suojella uhanalaisia lajeja avustetun leviämisen sekä siirtoistutuksen avulla. Viisi vuotta kestävän hankkeen lopputuloksena on Suomen uhanalaisten kasvien geenipankki, jonka siemensäilö sijoittuu Kumpulan kasvitieteelliseen puutarhaan ja syväjäädytetyt kasvisolukot Oulun yliopiston kasvitieteelliseen puutarhaan. Lisäksi hanke jakaa tietoa ja opastusta suojelun merkityksestä suurelle yleisölle, päättäjille sekä koululaisille opettajineen.

Hankkeen toimintavuotena 2015 keskityttiin yleisötyöhön, jolla tavoiteltiin etäsuojelun tunnettuuden ja näkyvyyden kohentamista niin alan ammattilaisten kuin suuren yleisönkin keskuudessa. Kaisaniemen kasvitieteellisessä puutarhassa avattiin kesäksi ESCAPE-hanketta ja etäsuojelua esittelevä näyttely, joka lähti syksyllä kierrokselle hankkeen muiden toimijoiden toimipisteisiin. Yhteistyössä Ohjelmatoimisto Ruutikellarin kanssa toteutettiin kouluille ilmaisia interaktiivisia kasvien suojeluun liittyviä työpajoja.

Toimintavuosien 2015–2016 aikana saatiin myös kerättyä tavoitteiden mukaiset määrät uhanalaisten kasvilajien siemeniä ja muita kasvinosia niin siemenpankkiin Kumpulan kasvitieteelliseen puutarhaan kuin mikrolisäykseen ja syväjäädytykseen Oulun yliopiston kasvitieteelliseen puutarhaan. Lajien palautusistutuksia luontoon toteutettiin sekä putkilokasveilla että sammalilla. Tavoitteena luontoon palautuksissa oli ensisijaisesti testata ja kehittää menetelmiä. Näinä vuosina kertyi runsaasti onnistumisia ja menetelmien kehittämistä vaativia kokemuksia, joiden pohjalta voitiin suunnitella toimintaa edelleen. Vuosina 2015–2016 hankkeen toimintaan kuului myös aiempina vuosina perustettujen koeistutusten seurantaa niin kasvitieteellisissä puutarhoissa kuin luontoon palautuksissakin.

Hanke on toimintavuosina jakanut tietoa ja opastusta suojelun merkityksestä erilaisissa julkaisuissa, joista suuri osa on saatavilla sähköisessä muodossa hankkeen sivuilla. Lisäksi vuonna 2015 ESCAPE-hanke jätti hankkeen väliraportin ja vastaanotti EU komission Joint Mission -monitorointiryhmän vierailun, mikä kuuluu kaikkien LIFE-ohjelman hankkeiden kulkuun.

Kansainvälistä yhteistyötä

Digitoidut kokoelmat ja havaintoaineistot saatetaan kansainväliseen käyttöön myös Global Biodiversity Information Facility (GBIF) -järjestön kautta. GBIF on hallitusten välinen aloite, jonka tavoitteena on saattaa lajien esiintymistietoja avoimesti kaikkien käyttöön tutkimuksen, luonnonsuojelun ja kestävän kehityksen edistämiseksi. Vasta perustettu Suomen Lajitietokeskus tulee toimimaan keskitettynä väylänä GBIF -järjestön aineistoihin ja myös muihin kansainvälisiin eliölajiaineistojen yhteiskäytön portaaleihin.

Global Plants Initiative (GPI) puolestaan on yli kolmensadan herbaarion kansainvälinen hanke, jonka tavoitteena on luoda ja ylläpitää kattava kasvien ja sienten tyyppinäytteiden virtuaaliherbaario. Vuonna 2004 aloitetun hankkeen tuottama materiaali julkaistaan verkkosivustolla JSTOR Global Plants.

Tyyppinäyte on yleensä yksi herbaarionäyte, joka määrää lajin tai lajinsisäisen taksonin (kuten alalajin tai variaation) nimen käytön. Levien, kasvien ja sienten tieteellisten nimien käyttöä säätelee Kansainvälinen nimistösäännöstö (International Code of Nomenclature for Algae, Fungi and Plants, ICN). Tieteelle uusi eliölaji on kuvattava kirjallisesti nimistösäännöstön edellyttämien ehtojen mukaisesti.

Luomus on ollut mukana GPI-yhteisössä vuodesta 2009. GPI Helsingin vastuuhenkilö on professori Soili Stenroos kasvitieteen yksiköstä, hankkeessa ovat työskennelleet Jaana Haapala, Juha Kinnunen, Sanna Laine, Sampsa Lommi, Ari Taponen ja Saara Velmala.