Luomuksella on Helsingin yliopiston rehtorin asettama johtokunta, jonka toimikausi on neljä vuotta. Johtokuntaan kuuluu 7−9 jäsentä, joista kullakin on henkilökohtainen varajäsen. Rehtori määrää yhden jäsenistä puheenjohtajaksi ja johtokunta valitsee keskuudestaan varapuheenjohtajan.
Johtokunnan jäsenistä kuusi edustaa Helsingin yliopistoa. Näistä kaksi valitsee Luomuksen henkilökunta keskuudestaan. Enintään kolme jäsentä edustaa laitoksen yhteistyötahoja. Vuonna 2014 toimiva johtokunta asetettiin maaliskuussa 2014.
Johtokunnan tehtävänä on käsitellä laitoksen tavoiteohjelma ja siihen sisältyvä
henkilöstösuunnitelma ja talousarvio; tehdä rehtorille esitys laitoksen
johtajan ottamisesta ja nimetä varajohtaja toimikautensa ajaksi; hyväksyä
työjärjestys; asettaa kokoelma-, tutkimus- ja opetus-, seuranta- sekä yhteiskunnallisen
vuorovaikutuksen ohjausryhmät; sekä ratkaista ne asiat, jotka johtaja on
niiden tärkeyden tai laajakantoisuuden vuoksi saattanut johtokunnan käsiteltäväksi.
• puheenjohtaja, dekaani Jari Niemelä, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta
(varajäsen, varadekaani Atte Korhola, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta)
• yliopistonlehtori Helena Korpelainen, Maatalous -metsätieteellinen tiedekunta (varajäsen, yliopistonlehtori Helena Åström, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta)
• professori Jouko Rikkinen, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta
(varajäsen, yliopistonlehtori Johannes Enroth, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta)
• professori Timo Vesala, Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta
(varajäsen,
professori Mikael Fortelius, Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta)
• dosentti Ilari Sääksjärvi, Turun yliopiston eläinmuseo
(varajäsen,
projektipäällikkö Riitta Tegelberg, Digitarium)
• luontopalvelujohtaja Rauno Väisänen, Metsähallitus
(varajäsen,
neuvotteleva virkamies Johanna Niemivuo-Lahti, Maa- ja metsätalousministeriö)
• vanhempi tutkija Terhi Ryttäri, Suomen ympäristökeskus
(varajäsen,
kehittämispäällikkö Jukka -Pekka Jäppinen, Suomen ympäristökeskus)
• tutkijatohtori Otto Miettinen, henkilöstön edustaja
(varajäsen,
yli-intendentti Soili Stenroos, henkilöstön edustaja)
• tiedottaja Laura Hiisivuori, henkilöstön edustaja
(varajäsen,
laatukoordinaattori Antto Pesonen, henkilöstön edustaja)
Luonnontieteellinen keskusmuseo 2014